恺撒担任独裁官仅11天后便辞去这个职务，离开了罗马。他没有按照常规等到1月就任执*官，而是火速赶往布隆迪西乌姆。此前他已经命令他的军队在那里集结。
尽管他的军官们在过去6个月里尽了最大努力，但还是严重缺少运输船只。恺撒在布隆迪西乌姆及其周边地区拥有12个军团（实际可以动用的兵力为2.5万～3万人，因为这些军团之前有伤亡，而且在从西班牙返回的途中留下了很多掉队士兵和伤病员），船只却只够运送1.5万名步兵和名骑兵。即便这么少的部队也只能携带最低限度的辎重给养，而骑兵的比例之所以如此低，是因为他们的马匹需要更大空间。很显然，要往返多次才能将大军全部运到对岸，但如果这样操作，先期抵达的部队就可能在后续部队到来之前被敌人消灭。
而且第一批渡海的部队也会遇到很大危险，因为庞培军队已经集结了一支非常强大的舰队，约有艘战船和许多用于侦察的小船。舰队主力由毕布路斯指挥，驻扎在亚得里亚海东岸，以拦截恺撒的入侵军队。恺撒手中只有12艘武装桨帆船，如果运输船队在海上遭遇敌人海军，那么肯定没有办法保护运输船，而且每一趟跨越亚得里亚海的运输航行都需要面对这么严重的威胁。恺撒知道这些情况，但也知道局势在近期不会有任何改观。
他深知拖延时间只会让庞培变得更强大，准备得更充分，因此他急于直捣敌军的心脏。由于天气恶劣，他耽搁了几周，直到前48年1月4日才起航。一年前，没有人想到恺撒竟然会在冬季发动进攻，因为冬季一般要休兵。这一次，敌人仍然没有想到他会在冬季出战。庞培的军队分散驻扎在许多冬季营地，而毕布路斯的舰队尚未做好准备。恺撒轻松渡海，在伊庇鲁斯海岸的派赖斯特登陆，未曾受到任何抵抗。他的部队迅速上岸，船只于当夜返回布隆迪西乌姆去装载下一批部队，但这一次敌人已经察觉，拦截了一些船只。
据恺撒说，毕布路斯大发雷霆，下令将缴获的这些船只连同其水手全部付之一炬。恺撒的大部分运输船都安全返回了，但很显然，下一次敌人将会严阵以待。恺撒在短期内被切断了援兵和补给线。他手中有7个军团（每个军团平均有人）以及名骑兵，但船上没有空间运载足够多的粮食，所以他们必须就地取粮。罗马历法比实际的季节要早几个星期，所以现在实际上是秋末。恺撒必须想办法让部队集中起来，在即将到来的冬季吃饱穿暖，同时与敌人作战。
登陆后的第二夜，恺撒率军攻打奥利库姆，这里的市民组织起来反对驻扎在那里的一小队庞培派士兵，很快向恺撒献城投降。据《战记》记载，奥利库姆市民不愿意反抗一位代表罗马人民、拥有合法军权的统帅。他们很可能还做了理性的推断，认为此地兵力单薄的庞培军队不可能打赢。意大利的大部分居民都没有明确地支持内战的任何一方，大多数行省居民也没有什么强烈的好恶，这不足为奇。恺撒像往常一样饶了驻军指挥官卢基乌斯·曼利乌斯·托夸图斯的性命，后者选择为恺撒效力。
此番得胜之后，恺撒向阿波罗尼亚推进，那里的平民也不愿意反对他，迫使驻扎在那里的庞培军队逃跑。伊庇鲁斯的大部分地区很快效仿这些城镇，投奔了恺撒。于是他在希腊有了一个稳固的基地，目前这些城镇能够为他的军队提供足够的给养。他还缴获了敌军搜罗的一些储备粮食，不过有一队停在奥利库姆附近的运粮船被护航的庞培军队凿沉了。庞培的主要补给站位于沿海更北面的重要贸易港口狄拉奇乌姆（今天阿尔巴尼亚的都拉斯）。
恺撒率军去夺取这个重要战利品，但此时敌军已经开始做出反应。庞培命令他的军队集结起来，以强行军火速赶往狄拉奇乌姆，抢在恺撒前头抵达那里。于是，恺撒迅速撤退了。敌军有9个军团，而且兵力接近满员，所以对恺撒有着超过二比一的兵力优势。但恺撒军队出其不意的登陆和起初的胜利似乎让庞培军队大受震撼，士气低落。拉比埃努斯公开对庞培表忠心，发誓绝不背弃他，与他同甘共苦。保民官和百夫长们接着宣誓，最后所有军团士兵集体宣了誓。
恺撒撤到了伊庇鲁斯。尽管他控制着阿波罗尼亚和奥利库姆这两个港口，但毕布路斯的舰队现在非常活跃，实施了严密封锁。恺撒的一队运兵船被迫返回布隆迪西乌姆，还损失了1艘船。毕布路斯将这艘船上的所有人，不管衔级高低，一律处死。或许他希望用这样的暴行来震慑对方，威吓他们不要去增援恺撒，但他对恺撒（在担任市*官、裁判官和执*官期间，恺撒一直是他的同僚）的仇恨显然让他愈加残暴。私人的悲恸或许对他也有影响，因为他的两个年纪最大的儿子前不久在埃及被谋杀了。
毕布路斯打仗的时候带着一种令人胆寒的残忍野蛮，但他并非独一无二。从内战一开始，庞培军队中就很少有人表现出像恺撒那样的宽宏和节制。恺撒的宽宏大量显然表明他比敌人略胜一筹，这让庞培派更加恼怒，促使他们做出更多暴行。西塞罗看到庞培阵营的这种态度，不禁大吃一惊。庞培派的主要领导人宣称，那些保持中立的人简直和恺撒*羽一样可恶，等他们杀回意大利之后，要来一场大范围的惩罚。恺撒驻扎在阿普苏斯河附近，离阿波罗尼亚不远。
庞培的军队（比恺撒兵力更强）驻扎在河对岸的一个地方，但没有要来进攻和交锋的意思。恺撒将一名被俘的庞培派军官（此人已是第二次被俘）送回，希望与庞培谈判。恺撒建议，他和庞培都宣誓在三天之内解散各自军队（这看起来公平，不过很不实际），然后请元老院和人民来仲裁他们之间的纠纷。庞培起初没有回复，但恺撒很乐意等待，希望自己的更多部队能从意大利赶来。与此同时，他封锁海岸，阻止毕布路斯的舰队停靠，对其施加压力。
武装桨帆船虽然尺寸不大，但船员非常多，因为它的速度和机动性都依赖许多桨手的体力。因此船上没有多少空间来运载食物和饮用水，甚至没有空间让桨手们自由活动或休息，因为他们的身体就是压舱物，用来保持船体平衡。所以，桨帆船需要每隔一段时间就靠岸，最少也要三天一次，以补充给养并让桨手和水手们休息。古代的舰队能够有效发挥战斗力的条件是附近有自己的基地，或者能够得到陆军的紧密支持。恺撒的士兵们控制着港口，监视着海岸，攻击任何企图靠岸的敌船，迫使毕布路斯的水手们频繁地返回基地。
再加上冬季天气恶劣，海上封锁的任务给庞培舰队带来了极大压力。毕布路斯要求休战，但自己不去谈判，而是派了高级军团长卢基乌斯·斯克利博尼乌斯·利博。这样做的理由是，他对恺撒的私人仇恨和他的火爆脾气对谈判不利。利博的女儿嫁给了庞培的幼子塞克斯图斯，这也表明庞培派许多领导人之间存在紧密的姻亲联系。恺撒去参加谈判，但是大失所望，因为利博只是要求停战，好让庞培的船只能够随意靠岸，而其他一切事物都要请庞培定夺。
恺撒回答说，只有在庞培派停止海上封锁的情况下，他才同意停战。他要求利博保证他即将派往庞培处的使者的人身安全。恺撒的这两个请求都被拒绝了，正如《战记》中的记载：“恺撒认识到，利博的一席话完全是由于庞培军队目前的危险处境和补给困难，而并无和谈的诚意，于是恺撒将注意力转回到作战计划上。”毕布路斯积劳成疾，不久后去世了。没有人被指定去接替他舰队总司令的职务，而庞培军队不顾困难，继续封锁大海。在阿普苏斯河，两军仍然隔河对望。
双方进行了更多次的谈判。有一次，瓦提尼乌斯来到河边，向敌军前哨阵地喊话，最后对方告诉他，次日将有一名军官前来会谈。谈判果然开始了，但拉比埃努斯怒气冲冲地插手干涉，最后放了一轮箭，谈判不欢而散。恺撒的前任军团长后来叫嚷着说，他们将“停止任何和谈；除非把恺撒的脑袋送来，否则绝不讲和”。据说，在这不久之前，庞培曾说如果让世人以为他是因为“恺撒的慷慨仁慈”才活下来，他绝不会考虑和谈。
两军就这样僵持不下，随着时间流逝，恺撒越来越绝望，因为没有任何援军从意大利赶来。有好几份史料称，他开始疑心留在意大利的部下们的信念和忠诚。他认为只有自己亲自到场，才能推动援军的行动，于是决定亲自前往布隆迪西乌姆。他乔装打扮成自己的一名奴隶（此人常担任信使），登上一艘停泊在奥斯河口附近的小商船。小商船沿河驶向大海，海上刮来一阵劲风，船员们挣扎着逆风行驶。过了一会儿，水手们决定放弃努力，调头返回。
结语这时恺撒突然抛下自己的斗篷，鼓励他们不要害怕，因为他们运载着“恺撒和恺撒的好运气”。桨手和舵手们百倍努力，想要将船划到海上，但最终被迫放弃。一位将军在当前的形势下会不会抛弃自己的部队，哪怕是为了召来援军，是非常值得怀疑的。或许正因如此，在他们看来，统帅居然如此不自信，不相信仅凭他们就能打赢战争，反而还要去搬救兵。据说他返回军营时，士兵们围在他身边，恳求对他们多一些信心。这表明自高卢的早期岁月起，将军和士兵之间已经培养出了令人难以置信的紧密纽带和高度信任。